Multivariate analysis problem
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Multivariate analysis problem
The .as file embedded below works on the .dat file attached, but when the
.as file is modified so as to try to get the variance-covariance matrix for
the final G-structure, the job fails instantly. Any idea what's going on?
_________________
canola2.as
Canola variety trials
location 9
variety 58
year 2
rep 4
oil
protein
total
gluco
C:\DOCS\Si_P\ALLYRS\canola.dat !skip 1
oil protein ~ Trait Tr.year Tr.year.location !r Tr.year.location.rep,
Tr.variety Tr.variety.year Tr.variety.year.location
1 2 3 # 1 site, error structure has 2 dimensions, 3
G-structures
0 # ASREML knows number of records
Trait 0 US 1.13 0 1.26 # Var-cov matrix for error structure is
unstructured.
# Initial values given
Tr.year.location.rep # Spec of 1st G-structure
Tr 0 US 0.35 0 0.36 # Var-cov matrix of outer structure (Trait) is
unstructured.
# Initial values for var-cov matrix given
year.location.rep # Var-cov matrix of inner structure (Trait) is
identity.
Tr.variety # Spec of 2nd G-structure
Tr 0 US 0.53 0 1.20
variety
Tr.variety.year # Spec of 3rd G-structure
Tr 0 US 0.185 0 0.0027
variety.year
# If the following spec of a 4th G-structure is
added
# (and spec of number of G structures increased
to 4),
# the job fails.
# Tr.variety.year.location
# Tr 0 US 0.47 0 0.63
# variety.year.location
_____________________________
canola2.dat
location variety year rep oil protein total gluco
1 17 2.000 1.000 39.53 42.14 81.68 4.994
1 18 2.000 1.000 37.14 42.88 80.02 11.724
1 19 2.000 1.000 36.68 41.35 78.03 10.184
1 28 2.000 1.000 37.45 44.25 81.70 11.784
1 29 2.000 1.000 38.35 45.04 83.39 13.259
1 30 2.000 1.000 36.45 43.85 80.30 16.067
1 31 2.000 1.000 36.81 44.04 80.85 11.465
1 32 2.000 1.000 36.56 43.88 80.45 11.802
1 33 2.000 1.000 37.21 44.74 81.95 10.753
1 34 2.000 1.000 36.85 44.55 81.41 12.494
1 35 2.000 1.000 37.18 44.42 81.61 13.440
1 37 2.000 1.000 36.47 42.89 79.37 15.240
1 38 2.000 1.000 35.76 40.48 76.25 9.155
1 42 2.000 1.000 35.42 41.17 76.59 8.823
1 51 2.000 1.000 36.28 43.02 79.30 11.062
1 52 2.000 1.000 37.81 44.16 81.97 12.917
1 53 2.000 1.000 36.16 41.82 77.98 10.483
1 54 2.000 1.000 37.63 42.23 79.87 9.900
1 55 2.000 1.000 35.13 42.59 77.72 7.356
1 56 2.000 1.000 35.94 40.96 76.90 7.062
1 57 2.000 1.000 36.17 42.32 78.49 13.229
1 58 2.000 1.000 35.54 41.57 77.11 7.967
1 17 2.000 2.000 38.46 43.20 81.66 7.029
1 18 2.000 2.000 36.67 43.17 79.84 14.138
1 19 2.000 2.000 37.04 41.19 78.23 8.750
1 28 2.000 2.000 35.34 45.30 80.64 13.799
1 29 2.000 2.000 37.69 44.44 82.14 12.211
1 30 2.000 2.000 36.58 44.44 81.03 12.788
1 31 2.000 2.000 35.61 45.30 80.92 10.318
1 32 2.000 2.000 35.82 43.76 79.58 10.990
1 33 2.000 2.000 37.39 45.19 82.58 11.639
1 34 2.000 2.000 35.32 45.36 80.68 13.699
1 35 2.000 2.000 36.63 44.39 81.02 11.913
1 37 2.000 2.000 35.37 43.69 79.06 11.710
1 38 2.000 2.000 34.85 40.23 75.08 10.257
1 42 2.000 2.000 35.24 41.86 77.10 12.123
1 51 2.000 2.000 35.64 43.03 78.67 9.114
1 52 2.000 2.000 36.72 44.19 80.91 12.947
1 53 2.000 2.000 36.55 43.40 79.95 7.175
1 54 2.000 2.000 36.49 42.32 78.80 9.228
1 55 2.000 2.000 36.84 41.67 78.52 10.583
1 56 2.000 2.000 36.40 41.94 78.34 8.536
1 57 2.000 2.000 35.63 42.30 77.93 10.403
1 58 2.000 2.000 34.65 42.02 76.67 9.081
1 17 2.000 3.000 40.19 41.14 81.33 6.228
1 18 2.000 3.000 38.32 39.97 78.28 8.040
1 19 2.000 3.000 38.99 39.18 78.17 9.010
1 28 2.000 3.000 39.86 42.01 81.87 8.688
1 29 2.000 3.000 40.91 41.37 82.28 10.094
1 30 2.000 3.000 37.43 42.59 80.02 9.647
1 31 2.000 3.000 36.84 44.17 81.01 12.134
1 32 2.000 3.000 40.22 40.91 81.13 7.971
1 33 2.000 3.000 36.57 45.51 82.07 11.108
1 34 2.000 3.000 38.98 40.70 79.68 10.443
1 35 2.000 3.000 37.88 42.22 80.10 7.784
1 37 2.000 3.000 36.04 42.65 78.68 12.679
1 38 2.000 3.000 38.74 38.26 76.99 8.787
1 42 2.000 3.000 37.56 39.15 76.71 8.453
1 51 2.000 3.000 37.28 40.83 78.11 8.591
1 52 2.000 3.000 37.06 43.15 80.22 13.439
1 53 2.000 3.000 38.36 40.13 78.49 10.347
1 54 2.000 3.000 36.95 43.00 79.95 8.262
1 55 2.000 3.000 35.92 41.52 77.44 8.704
1 56 2.000 3.000 39.17 39.70 78.87 12.102
1 57 2.000 3.000 35.32 43.01 78.33 11.911
1 58 2.000 3.000 35.72 40.94 76.66 7.630
2 17 2.000 1.000 36.20 43.71 79.91 10.722
2 18 2.000 1.000 35.74 42.98 78.72 10.767
2 19 2.000 1.000 34.57 42.95 77.53 10.478
2 28 2.000 1.000 34.86 44.64 79.50 10.377
2 29 2.000 1.000 35.50 44.97 80.48 11.934
2 30 2.000 1.000 34.30 45.65 79.96 11.616
2 31 2.000 1.000 34.93 44.76 79.69 12.417
2 32 2.000 1.000 38.03 43.53 81.56 10.235
2 33 2.000 1.000 35.11 44.57 79.68 12.220
2 34 2.000 1.000 36.61 44.32 80.92 10.204
2 35 2.000 1.000 34.86 44.64 79.50 11.662
2 37 2.000 1.000 36.45 41.97 78.42 11.466
2 38 2.000 1.000 38.74 43.62 82.36 10.678
2 42 2.000 1.000 33.29 43.94 77.23 7.242
2 51 2.000 1.000 34.70 45.18 79.88 13.225
2 52 2.000 1.000 35.20 46.20 81.40 9.107
2 53 2.000 1.000 36.31 43.73 80.04 9.186
2 54 2.000 1.000 34.48 43.72 78.20 10.104
2 55 2.000 1.000 33.83 44.49 78.33 10.313
2 56 2.000 1.000 35.36 41.59 76.96 5.912
2 57 2.000 1.000 35.41 42.39 77.81 9.647
2 58 2.000 1.000 40.00 43.07 83.07 6.301
2 17 2.000 2.000 35.34 44.74 80.07 10.554
2 18 2.000 2.000 35.11 42.95 78.06 11.011
2 19 2.000 2.000 34.92 41.82 76.74 7.018
2 28 2.000 2.000 33.25 44.70 77.95 9.203
2 29 2.000 2.000 34.05 45.77 79.82 11.901
2 30 2.000 2.000 36.33 44.74 81.07 10.973
2 31 2.000 2.000 34.90 44.56 79.46 10.280
2 32 2.000 2.000 38.50 43.50 82.00 9.960
2 33 2.000 2.000 38.30 45.30 83.60 9.683
2 34 2.000 2.000 34.80 45.39 80.19 11.242
2 35 2.000 2.000 38.30 41.21 79.52 10.272
2 37 2.000 2.000 35.88 43.03 78.91 12.633
2 38 2.000 2.000 39.28 42.90 82.18 12.132
2 42 2.000 2.000 36.58 41.15 77.74 8.778
2 51 2.000 2.000 37.29 44.24 81.52 10.754
2 52 2.000 2.000 34.77 45.01 79.78 11.950
2 53 2.000 2.000 34.90 43.54 78.44 9.593
2 54 2.000 2.000 34.91 43.42 78.33 9.332
2 55 2.000 2.000 34.96 44.42 79.39 12.833
2 56 2.000 2.000 35.97 42.45 78.42 8.783
2 57 2.000 2.000 36.91 41.27 78.18 11.040
2 58 2.000 2.000 38.76 42.99 81.75 6.675
2 17 2.000 3.000 36.40 42.87 79.27 10.177
2 18 2.000 3.000 36.82 41.13 77.95 11.541
2 19 2.000 3.000 33.20 41.58 74.77 5.731
2 28 2.000 3.000 33.89 45.78 79.66 10.950
2 29 2.000 3.000 34.90 44.67 79.57 10.790
2 30 2.000 3.000 34.45 44.35 78.79 12.620
2 31 2.000 3.000 33.82 44.87 78.69 9.360
2 32 2.000 3.000 35.00 46.14 81.14 14.138
2 33 2.000 3.000 34.59 44.91 79.50 11.769
2 34 2.000 3.000 35.95 44.04 79.99 9.101
2 35 2.000 3.000 36.05 43.63 79.69 12.086
2 37 2.000 3.000 34.69 42.89 77.58 11.428
2 38 2.000 3.000 37.83 44.34 82.17 10.265
2 42 2.000 3.000 36.83 41.32 78.15 9.798
2 51 2.000 3.000 35.04 45.04 80.08 14.808
2 52 2.000 3.000 33.70 44.51 78.21 11.529
2 53 2.000 3.000 35.11 43.87 78.97 9.009
2 54 2.000 3.000 39.45 39.31 78.76 8.529
2 55 2.000 3.000 34.85 42.64 77.49 10.866
2 56 2.000 3.000 35.68 41.80 77.47 6.225
2 57 2.000 3.000 33.98 43.52 77.50 9.746
2 58 2.000 3.000 35.97 44.21 80.18 5.402
3 17 2.000 1.000 42.92 40.87 83.80 5.086
3 18 2.000 1.000 39.04 38.30 77.34 3.612
3 19 2.000 1.000 38.75 37.05 75.80 8.329
3 28 2.000 1.000 38.78 41.65 80.43 10.198
3 29 2.000 1.000 42.29 39.05 81.34 9.233
3 30 2.000 1.000 38.96 39.97 78.93 12.844
3 31 2.000 1.000 40.12 40.70 80.82 10.032
3 32 2.000 1.000 40.68 38.11 78.79 8.688
3 33 2.000 1.000 39.34 38.47 77.81 8.370
3 34 2.000 1.000 39.61 40.66 80.27 9.413
3 35 2.000 1.000 40.75 39.63 80.38 6.678
3 37 2.000 1.000 40.67 36.93 77.60 8.724
3 38 2.000 1.000 40.81 33.42 74.23 5.853
3 42 2.000 1.000 40.10 37.91 78.00 8.082
3 51 2.000 1.000 40.34 38.01 78.34 7.075
3 52 2.000 1.000 40.06 40.56 80.63 8.208
3 53 2.000 1.000 39.15 41.61 80.76 8.520
3 54 2.000 1.000 39.29 39.78 79.07 4.881
3 55 2.000 1.000 40.21 37.66 77.87 6.066
3 56 2.000 1.000 36.65 40.51 77.16 10.581
3 57 2.000 1.000 38.45 37.43 75.88 6.386
3 58 2.000 1.000 41.10 34.95 76.05 5.287
3 17 2.000 2.000 43.61 40.51 84.13 5.989
3 18 2.000 2.000 40.08 38.98 79.06 6.257
3 19 2.000 2.000 39.27 38.80 78.07 4.739
3 28 2.000 2.000 41.15 38.69 79.84 8.824
3 29 2.000 2.000 43.50 39.13 82.63 6.279
3 30 2.000 2.000 38.82 41.62 80.44 9.273
3 31 2.000 2.000 38.72 42.12 80.84 9.906
3 32 2.000 2.000 40.45 37.72 78.17 5.205
3 33 2.000 2.000 40.58 40.20 80.78 9.641
3 34 2.000 2.000 40.49 37.81 78.30 7.412
3 35 2.000 2.000 42.22 37.78 80.01 7.798
3 37 2.000 2.000 40.12 37.38 77.50 8.541
3 38 2.000 2.000 43.97 33.37 77.34 3.454
3 42 2.000 2.000 38.37 39.72 78.08 7.213
3 51 2.000 2.000 40.46 39.41 79.88 7.780
3 52 2.000 2.000 39.91 41.38 81.29 10.380
3 53 2.000 2.000 42.05 35.61 77.66 7.593
3 54 2.000 2.000 40.59 38.74 79.33 5.983
3 55 2.000 2.000 39.80 37.78 77.58 7.960
3 56 2.000 2.000 40.40 38.32 78.72 6.717
3 57 2.000 2.000 39.09 37.54 76.63 7.273
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9 42 1.000 2.000 42.00 30.12 72.12 5.715
9 49 1.000 2.000 43.20 32.70 75.90 6.553
9 50 1.000 2.000 44.07 30.79 74.86 4.009
9 43 1.000 2.000 42.58 33.82 76.40 10.326
9 44 1.000 2.000 42.58 33.70 76.28 9.690
9 45 1.000 2.000 45.35 34.01 79.35 1.404
9 46 1.000 2.000 44.06 33.84 77.90 6.161
9 47 1.000 2.000 44.40 31.74 76.14 4.528
9 48 1.000 2.000 43.02 33.17 76.19 4.497
9 1 1.000 3.000 42.25 33.86 76.10 8.080
9 2 1.000 3.000 45.50 32.10 77.60 7.263
9 3 1.000 3.000 43.40 31.30 74.70 7.791
9 4 1.000 3.000 46.60 34.19 80.79 7.102
9 5 1.000 3.000 45.14 32.59 77.74 8.127
9 6 1.000 3.000 43.28 33.24 76.53 5.994
9 7 1.000 3.000 44.91 31.30 76.21 6.961
9 8 1.000 3.000 44.92 35.60 80.52 8.050
9 36 1.000 3.000 43.86 30.30 74.16 6.231
9 20 1.000 3.000 45.25 33.10 78.35 4.333
9 21 1.000 3.000 43.34 31.32 74.65 6.413
9 22 1.000 3.000 46.61 35.91 82.52 1.910
9 23 1.000 3.000 43.49 34.62 78.11 12.748
9 24 1.000 3.000 44.39 32.39 76.77 6.196
9 25 1.000 3.000 43.86 36.02 79.88 6.533
9 26 1.000 3.000 44.20 34.37 78.58 6.603
9 27 1.000 3.000 44.70 35.14 79.84 6.350
9 37 1.000 3.000 44.05 30.58 74.63 7.212
9 39 1.000 3.000 40.40 29.77 70.17 13.936
9 40 1.000 3.000 44.68 31.35 76.03 5.219
9 41 1.000 3.000 44.52 32.42 76.93 9.259
9 42 1.000 3.000 43.26 32.31 75.57 6.861
9 49 1.000 3.000 44.73 32.44 77.17 3.815
9 50 1.000 3.000 45.45 30.18 75.62 3.152
9 43 1.000 3.000 43.34 37.05 80.39 8.615
9 44 1.000 3.000 42.97 33.37 76.34 10.204
9 45 1.000 3.000 46.29 33.99 80.28 2.186
9 46 1.000 3.000 45.54 34.26 79.80 4.308
9 47 1.000 3.000 44.37 32.24 76.61 6.346
9 48 1.000 3.000 44.41 31.49 75.90 4.424
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Faculty of Agriculture,
University of Western Australia,
Nedlands, WA 6709, Australia.
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